Biyolojik olarak çimlenme: "Uygun koşulların bulunması halinde tohum embriyosundan , normal bir bitki oluşturma yeteneğine sahip bir yapının , tohum kabuğunu aşarak dışarı çıkması" şeklinde tanımlanabilir . Çoğu bitkilerin tohumları , çevre koşullarının uygun olması karşısında , hasat olumlarının hemen ertesinde çimlenebilir . Örneğin bezelye tohumları henüz meyve içerisinde kimi zaman çimlenme gösterirken , kimi turunçgillerde tohumlar çoğu kez meyve içerisinde iken bile çimlenme gösterirler . Buna karşın çoğu bitkilerde tohumlar , çevre koşulları çimlenmeye uygun olsa bile haftalar , aylar , batta yıllar geçmeden çimlenmezler . Tohumlarda çimlenme durgunluğu ( Dormansi , uyku ya da Dinlenme ) dönemi olarak nitelendirilen bu özellik üzerinde daha sonra bilgi verilecektir .
Çimlenmede ilk aşama , tohumun çeşitli dokuları tarafından suyun absorpsiyonudur . Bunun sonucu olarak genellikle tohum hacminde büyüme görülür . Su içeriğinin yükselmesi tohum kabuğunda oksijen ve karbondioksit geçirgenliğinin olağanüstü artmasına neden olur . Kuru tohumlarda bu özellik son derece sınırlıdır . Su alarak tohumun şişmesi çoğu kez tohum kabuğunun çatlamasına yol açar . Ancak kimi bitkilerde bu çatlama birincil kök oluşuncaya değin görülmez .
Tohum hücrelerine suyun girmesi enzim aktivitesinin giderek çoğalmasına , solunumun fazlalaşmasına yol açar . Su alarak şişmelerinden 2-4 saat sonra bezelye tohumlarında solunumun çok belirgin şekilde arttığı görülür . Aynı şekilde aerobik solunum krebs çemberinde iş gören ve mitakondriumlarda yerleşmiş enzimler , kuru tohumlarda aktif olmadıkları halde , çimlenme anında olağanüstü etkinlik kazanır . Çimlenmede solunumun hızlanması sonucu alman oksijen ile havaya verilen COımiktarının ve buna bağlı olarak solunum katsayısı , tohumdan tohuma . çok geniş sınırlar arasında değişiklik gösterir . Birçok bitki cinslerinde embriyo kökçüğü tohum kabuğunu yırtmakta ve kökçük dışa uzanarak çimlenmenin gözle görünen ilk belirtisi ortaya Çıkmaktadır .
Çimlenme mekanizması yönünden bitki tohumları iki grupta toplanabilir . Bunlar:
1 . Çimlenmede kotiledonları tohumdan dışarı çıkanlar ( Epigeal )
2 . Kotiledorıları sürekli olarak tohum içinde kalanlar ( Hipogeal ) . Çift çenekli bitkilerin çoğu ve soğan gibi tek - çenekli bitki tohumlarının bir bölümü birinci gruba girmektedir . Çayır bitkisi tohumları ile bezelye ve meşe gibi bazı çift çenekli bitki tohumları ikinci gruba girerler .
